La crise de l’hantavirus Andes rappelle les défis posés par les infections d’origine animale à potentiel épidémique, et la nécessité de renforcer la prévention, la surveillance et la détection des agents pathogènes zoonotiques. Discussion avec Élodie Monchatre-Leroy, responsable de l’équipe du projet RatSWIM (PEPR PREZODE).
Le projet PEPR PREZODE RatSWIM vise à évaluer si les pathogènes portés par les rats (Rattus norvegicus) sont détectables dans les eaux usées et peuvent faire l’objet d’une surveillance via ces eaux usées. Le projet cherche à faire la preuve de ce concept pour quatre pathogènes zoonotiques. Des rats sont capturés dans les égouts et des eaux usées sont prélevées simultanément au même endroit, afin d’essayer de corréler la contamination des deux matrices.
Élodie Monchatre-Leroy est la responsable de l’équipe du projet RATSWIM. Vétérinaire de formation, elle a consacré sa thèse universitaire à l’épidémiologie des hantavirus chez les rongeurs dans l’Est de la France. Spécialiste en virologie, elle s’intéresse plus particulièrement aux réservoirs de la faune sauvage. Après avoir dirigé pendant quatorze ans le laboratoire Rage et Faune Sauvage de l’ANSES, elle est aujourd’hui enseignante-chercheuse en infectiologie à UniLaSalle, rattachée à l’unité de recherche IDEALISS.
Quelles maladies infectieuses pour l’homme les rongeurs sont-ils susceptibles de véhiculer ? Lesquelles sont les plus à risque pour l’homme ?
Avec les chiroptères, les rongeurs figurent parmi les ordres d’animaux les plus impliqués dans la transmission de maladies à l’homme. Ils constituent un réservoir pour de nombreuses pathologies bactériennes — comme la peste, encore présente dans certaines régions du monde, ou la leptospirose — et virales, notamment les hantavirus et le HEV (Rocahepevirus ratti), le virus de l’hépatite du rat. Celui-ci a longtemps été considéré comme non zoonotique mais des cas humains émergent peu à peu, avec une atteinte hépatique.
Chaque hantavirus est associé à un réservoir animal bien précis. En France, deux hantavirus dits « de l’Ancien Monde » circulent principalement. Le virus Seoul a pour réservoir Rattus norvegicus, le rat brun ou surmulot, présent en particulier dans les villes. Le virus Puumala, lui, a pour réservoir le campagnol roussâtre (Clethrionomys glareolus). Les infections par ces deux hantavirus sont appelées fièvre hémorragique à syndrome rénal ou FHSR. Elles sont de gravité variable, allant de l’absence de symptômes ou d’un syndrome grippal plus ou moins sévère à une insuffisance rénale. Le taux de létalité du Puumala virus Puumala est estimé à moins de 1% et celui du virus Séoul à 10% au maximum. Ces deux hantavirus ne se transmettent pas entre humains.
« Pygmy » rat -Oligoryzomys sp-, known to be reservoir of hantavirus Andes
Les hantavirus dits «du Nouveau Monde » circulent sur le continent américain. On y trouve notamment le virus Andes, véhiculé par un rat « pygmée » (Oligoryzomys sp.), et le virus Sin Nombre (« sans nom » en espagnol), dont le réservoir est Peromyscus maniculatus. Ces hantavirus peuvent donner lieu à une transmission interhumaine, vraisemblablement par voie respiratoire compte tenu de leur tropisme cardio-pulmonaire. Cette transmission n’est cependant pas comparable à celle d’un coronavirus : elle nécessite un contact plus rapproché et prolongé .
Il est important de ne pas se focaliser sur un seul hantavirus, et de rester prudent dans les généralisations.
D’autres hantavirus circulent par ailleurs en Europe et en France, mais leur symptomatologie reste mal connue : ils ont été identifiés dans la faune sauvage sans que l’on sache précisément ce qu’ils peuvent provoquer chez l’humain. Comme pour tout virus, des variations existent pour chaque espèce virale qui peut évoluer au cours du temps : il est important de rester prudent dans les généralisations.
Quels sont les facteurs qui, selon vous, favorisent le plus l’interface entre les rongeurs porteurs de hantavirus et les hommes ?
Chez le rongeur, l’infection est a priori asymptomatique : l’animal se porte très bien et excrète le virus, notamment par les urines et les fèces. La contamination humaine se fait par inhalation des poussières mises en suspension. Pour le Puumala, elle se produit typiquement en forêt — en balayant une cabane de chasse, en travaillant le bois ou en manipulant un tas de bûches habité par des rongeurs. Dès lors que les rongeurs pullulent et sont infectés, l’exposition virale augmente, et toute personne fréquentant ces milieux peut être contaminée. C’est ainsi qu’aux États-Unis, le virus Sin Nombre a été identifié dans les années 1990 dans une réserve amérindienne, à la suite de fortes pluies ayant entraîné une végétation abondante, puis une pullulation de rongeurs infectés et un nombre important de cas humains.
Chaque hantavirus est associé à un réservoir animal bien précis. À date, un seul hantavirus a un potentiel de transmission interhumaine.
Les facteurs de transmission sont éminemment variables, car la pullulation des rongeurs dépend elle-même de facteurs environnementaux — météo, abondance de nourriture, paysage. Ces cycles d’abondance s’accompagnent de dynamiques propres à la circulation du virus. Lorsque la population de rongeurs est stable, l’infection l’est aussi : les animaux tolèrent leur virus et l’excrètent moins. À l’inverse, dans les zones où la population est mobile et brassée, des variants viraux différents peuvent atteindre des rongeurs peu familiers de ces souches, entraînant des explosions d’infections — et davantage de contaminations humaines.
Les facteurs de risque dépendent enfin des activités humaines et de l’espèce réservoir. Le virus Seoul fait exception : transmis par le rat brun, rongeur urbain, il peut occasionner des contaminations en ville, dans des logements mal entretenus ou dans des parcs. Les cas humains d’infection au Séoul virus sont rares en France.
Le projet de recherche que vous animez, RATSWIM, littéralement « Évaluation des Rongeurs dans les Égouts et Stations d’épuration – Impact sur les Mammifères Réservoirs », s’attache à la surveillance primaire des modes de contamination, notamment via les eaux usées. Pouvez-vous nous l’exposer ?
Avant RatSWIM, l’équipe travaillait sur un projet nommé RATVAR[1], qui visait à comprendre si le SARS-CoV-2 dont le génome est détecté dans les eaux usées pouvait contaminer Rattus norvegicus vivant dans les égouts. L’arrivée du variant Omicron — accompagnée d’un éventuel changement de tropisme — soulevait la question d’un éventuel passage du virus chez ces rongeurs. Il était important de vérifier qu’ils ne devenaient pas un réservoir animal, ce qui aurait été particulièrement préoccupant. Le projet a démontré que non, et les résultats ont été publiés (Beissat et al., 2025, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0316882). RATVAR avait également permis de détecter d’autres pathogènes infectant les rats : le virus Seoul (hantavirus), les leptospires, le HEV (virus de l’hépatite du rat).
RatSWIM s’inscrit dans cette continuité : il s’agit de vérifier si les eaux usées peuvent servir d’outil de surveillance des pathogènes zoonotiques circulant chez les rats, la capture systématique des rongeurs étant logistiquement impossible à l’échelle d’une véritable surveillance. La preuve de concept porte sur quatre pathogènes (Seoul, leptospires, HEV, poxvirus). Des rats sont capturés et des eaux usées prélevées simultanément au même endroit, afin d’essayer de corréler la contamination des deux matrices. . Une étape de normalisation est également testée, en recherchant de l’ADN de rats dans les eaux usées pour estimer la taille des populations.
Le projet se concentre sur la ville de Lyon, en partie pour des raisons d’accès — la descente dans les égouts est strictement encadrée. Une observation issue de RATVAR a renforcé l’intérêt du dispositif : les rats capturés en surface présentent une séroprévalence nettement plus faible que ceux capturés dans les égouts pour le HEV et les leptospires.. Cela suggère que les eaux usées pourraient elles-mêmes constituer un facteur de risque de contamination, en facilitant la circulation des pathogènes entre rongeurs.
Aujourd’hui, les captures de rats ont d’ores et déjà commencé. Les équipes travaillent à la mise au point des techniques de détection des poxvirus et des leptospires, ainsi qu’à la caractérisation du HEV, le moins connu des quatre pathogènes. La mise en culture a été menée à bien, mais il reste à développer des outils génomiques permettant de déterminer si le virus détecté est entier et infectieux. En parallèle, la mise au point des technique de détection d’ADN de rats dans les eaux usées est également en cours, afin d’estimer la taille des populations de rongeurs sur les sites étudiés.
RATSWIM est un des 11 projets du PEPR PREZODE, un des programmes clés de la stratégie nationale France 2030 « maladies infectieuses ». Pouvez-vous expliquer les objectifs du PEPR et sa complémentarité avec le PEPR MIE ?
RatSWIM est l’un des projets du PEPR PREZODE , financé par France 2030 via l’ANR (Agence nationale de la recherche , France). Il porte sur la prévention primaire des pathogènes zoonotiques émergents ou réémergents à potentiel pandémique (y compris le pathogène X), en amont du spillover vers l’humain.
Ce programme est complémentaire du PEPR MIE (Maladies Infectieuses Émergentes), porté par l’ANRS MIE, dédié à la préparation et réponses aux crises sanitaires et à de nouveaux outils de prévention et de contrôle (vaccins, diagnostics, traitements). Ancrés dans l’approche One Health, ces deux PEPR sont complémentaires : ils couvrent des étapes distinctes du continuum d’émergence, en amont et en aval des contaminations chez l’humain, en intégrant systématiquement les sciences humaines et sociales.
Le projet RATSWIM est l’exemple parfait de la complémentarité entre ces deux programmes. Il va apporter des preuves scientifiques permettant de mieux détecter le risque zoonotique lié aux rats vivant à proximité des humains, Il contribuera à améliorer la détection précoce des risques d’émergence et à orienter des stratégies de prévention plus efficaces. Les connaissances générées permettront également de mieux éclairer les besoins en matière de préparation et de réponse face aux futures crises sanitaires.
Le projet associe des chercheurs de l’ANSES, de l’Institut Pasteur, du l’Institut de Recherche Biomédicale des Armées, du LCPME du Réseau obepine+, du CNR, de VetAgroSup et d’UniLasalle.