Le virus identifié au sein d’élevages de bovins en Europe au cours de l’été 2026 appartient au genre Orthobunyavirus. Bien qu’il soit étroitement apparenté au virus Shamonda, il s’agit d’un virus génétiquement distinct. Son identification a été rendue possible grâce aux capacités de la métagénomique.
La métagénomique a marqué un tournant dans la recherche. En séquençant l’ensemble des acides nucléiques présents dans un échantillon clinique, elle permet d’identifier, en une seule analyse, pratiquement tous les micro-organismes que contient l’échantillon : bactéries, virus, champignons et parasites. Cela représente un changement de paradigme par rapport à l’approche traditionnelle a priori. Les tests diagnostiques conventionnels reposent sur des hypothèses : ils ne ciblent que les agents dont on sait déjà qu’ils sont associés à un syndrome clinique donné. La métagénomique, en revanche, Cette méthode ne repose sur aucune hypothèse, ce qui permet de détecter des agents pathogènes rares, inattendus ou totalement inédits. Associée au séquençage à haut débit, elle peut également être appliquée en parallèle à un grand nombre d’échantillons.
Cette approche a été mise en œuvre durant l’été 2026 sur des échantillons prélevés chez des bovins en France et en Europe du Nord. Les vaches atteintes présentaient dans un premier temps de la fièvre et de la diarrhée ; la maladie a ensuite évolué vers une baisse de la production laitière et des mort-nés. L’agent pathogène à l’origine de cette épizootie n’ayant pas été identifié, la métagénomique a permis aux équipes de recherche de le mettre en évidence.
L’unité de recherche commune IHAP (Interactions hôte-pathogène) de l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) et de l’École nationale vétérinaire de Toulouse (ENVT) a identifié un virus jamais détecté auparavant en Europe, très probablement transmis par des moucherons piqueurs (Culicoides). Leurs conclusions ont été confirmées par des travaux menés simultanément par des équipes de l’Institut Friedrich-Loeffler (FLI) en Allemagne. ( L’INRAE et le FLI sont tous deux membres du réseau PREZODE.)
Sérogroupe Simbu des orthobunyavirus
«Le virus que nous avons identifié appartient au sérogroupe Simbu des orthobunyavirus, qui provoquent des maladies chez le bétail. Il est très proche des virus Shamonda, avec lesquels il partage deux des trois segments de génome. Deux clades ont été identifiés : les variantes EU1 et EU2 du virus Shamonda. Elles diffèrent légèrement de la souche isolée pour la première fois chez des bovins au Nigeria en 1965, puis au Japon. Aucune de ces souches n’ayant eu d’impact significatif à l’époque, elles n’ont fait l’objet que de peu d’études, de recherches ou de publications », explique le professeur Jean-Luc Guérin, directeur de l’unité IHAP.
Les variantes EU1 et EU2 touchent principalement les bovins et, plus rarement, les chevaux. Des avortements spontanés ont été signalés ; des malformations congénitales peuvent apparaître au début de la saison des naissances. Les vétérinaires et les éleveurs surveillent la situation afin d’éviter la propagation de la maladie.
Ce virus présente également des similitudes avec le virus de Schmallenberg, qui est apparu dans les troupeaux européens en 2011 et qui a infecté des vaches et des moutons.
Enquête sur un cas chez l’homme
En octobre, une équipe médicale d’un hôpital lyonnais (en France), qui prenait en charge un patient atteint d’une forme grave d’encéphalite cancéreuse, a réalisé une analyse métagénomique sur un échantillon de liquide céphalo-rachidien afin d’identifier d’éventuels agents pathogènes infectieux. Elle a détecté un génotype identique au variant EU1. Bien qu’une transmission interespèces ne puisse être exclue, les experts et les praticiens estiment que le risque zoonotique est extrêmement faible : il s’agit d’un cas isolé et atypique, dont on ne peut tirer aucune conclusion générale. Les autorités de santé publique, les chercheurs ainsi que les organisations internationales mènent actuellement des enquêtes. « Cette émergence virale chez le bétail à l’échelle européenne, ainsi que le cas humain, montrent que la détection précoce des risques émergents peut s’appuyer sur une combinaison de surveillance clinique tant chez les animaux que chez les humains, de la science et des technologies de pointe », conclut le professeur Guérin.