Le 7 avril 2025, l’Agence nationale de la recherche (ANR) a annoncé les cinq lauréats de la deuxième phase du programme PEPR PREZODE, intitulée« Surveillance épidémiologique des zoonoses et systèmes d’alerte précoce« .
Le jury international d’experts de haut niveau, mandaté par l’ANR, a évalué les candidatures concernant le deuxième appel du PEPR PREZODE, lancé en mai 2024. Les experts ont sélectionné cinq projets visant à améliorer la détection des maladies infectieuses d’origine animale (pathogènes, vecteurs et facteurs d’émergence) et à renforcer les systèmes d’alerte précoce en France et à l’étranger. Les territoires géographiques des sites d’étude incluent les territoires d’outre-mer. Le financement total de ce deuxième appel est de 7 millions d’euros.
CAVICOR : Surveillance des coronavirus circulant dans les chauves-souris
L’objectif de ce projet est de surveiller les coronavirus circulant chez les chauves-souris dans une forêt tropicale fortement anthropisée au sud du Cameroun. Le projet combinera l’échantillonnage de l’air ambiant dans les grottes, l’échantillonnage conventionnel et les analyses virologiques. L’objectif est d’identifier les virus potentiellement zoonotiques, en particulier les sarbecovirus similaires au SRAS-CoV-2, et d’évaluer leur capacité à infecter l’homme. Ce projet renforcera lasurveillance épidémiologique de la faune et la capacité locale de suivi à long terme des colonies de chauves-souris, dans le cadre d’une approche intégrée d’écologie et de santé publique. Ahidjo Ayoubavirologue à l’IRD, est le coordinateur de CAVICOR.
HODAS : Recentrer la surveillance sur les populations animales qui facilitent l’émergence
HODAS vise à améliorer la détection précoce des agents pathogènes zoonotiques. Pour ce faire, la surveillance ne se concentrera plus sur les agents pathogènes eux-mêmes, mais sur les populations animales qui facilitent leur émergence. En exploitant des données sous-utilisées sur les populations (mouvements du bétail, mortalité animale, comportements résultant de l’agriculture de précision), il s’agit d’identifier les signaux précoces et les dynamiques de dissémination. L’objectif est de développer des outils d’intégration et d’analyse de données en temps réel, et de faire évoluer les systèmes actuels vers des infrastructures de surveillance distribuées, en s’appuyant sur les sciences sociales pour en assurer l’adoption. Guillaume Fourniévétérinaire et épidémiologiste à l’Institut national de la recherche agronomique(INRAE), est le coordinateur de HODAS.
INSTEAD : Surveillance et détection précoce des arbovirus du Nil occidental (VNO) et d’Usutu (USUV)
Les arbovirus West Nile (WNV) et Usutu (USUV), transmis par les moustiques et maintenus chez les oiseaux, deviennent endémiques en Europe et représentent une menace croissante en France. L’objectif du projet INSTEAD est de renforcer la surveillance et d’accélérer la détection de ces virus grâce à une approche intégrée « One Health », qui réunit 17 laboratoires et un large éventail d’acteurs locaux et nationaux. L’organisation développe des outils de détection innovants et co-construit un système de surveillance intersectoriel afin d’améliorer la préparation à ces risques émergents. Gaëlle Gonzalesvirologue à l’ANSES, est la coordinatrice d’INSTEAD.
RATSWIM : évaluation de la pertinence des eaux usées pour la surveillance des agents pathogènes transportés par les rongeurs
La grande diversité des rongeurs dans les environnements urbains en fait des réservoirs importants de zoonoses émergentes ou réémergentes, telles que les poxvirus, les hantavirus, le HEV-C1 et la leptospirose. L’objectif du projet est d’ évaluer la pertinence des eaux usées en tant que moyen de surveillance de ces agents pathogènes, qui sont souvent difficiles à capturer. L’étude examinera également l’infectivité de ces agents dans les eaux usées à l’aide de modèles cellulaires et explorera leur rôle potentiel dans le maintien des réservoirs animaux. Elodie Monchartre Leroyvétérinaire et épidémiologiste à l’ANSES, est la coordinatrice de RATSWIM.
TALEDZ : Combinaison de données de terrain, d’analyses génomiques et comportementales et d’intelligence artificielle
Les Antilles françaises sont confrontées à des défis particuliers en matière de biosécurité avicole, liés à leur climat tropical, à leur isolement géographique et à la diversité de leurs systèmes d’élevage. Le projet TALEDZ vise à améliorer la détection précoce et la gestion des zoonoses, en particulier de l’influenza aviaire, grâce au développement d’une typologie des élevages, d’outils de surveillance non invasifs et d’une modélisation prédictive multi-échelle. L’objectif de l’initiative TALEDZ est d’améliorer la résilience sanitaire des élevages antillais en intégrant des données de terrain, des analyses génomiques et comportementales et l’intelligence artificielle. L’objectif global de l’initiative est de servir de modèle pour d’autres territoires insulaires. Pascal Zongo, professeur associé à l’Université des Antilles, est le coordinateur de TALEDZ.
Un effort de collaboration impliquant plusieurs parties
Le PREZODE PEPR est un programme de recherche français dirigé par l’IRD, le CIRAD et l’INRAE. L’objectif principal est d’améliorer la production de connaissances et le développement d’outils pertinents pour formuler des stratégies innovantes de réduction des risques et de détection précoce des maladies zoonotiques émergentes.
Le PEPR PREZODE fait partie de la stratégie France 2030 pour l’accélération de la lutte contre les maladies infectieuses émergentes (MIE) et les menaces NRBC (nucléaires, radiologiques, biologiques et chimiques). Cette stratégie est coordonnée par le Secrétariat Général pour l’Investissement (SGPI). Le programme est financé par l’ANR, établissement public à caractère administratif placé sous la tutelle du ministère français de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.